มกุฎราชกุมารีแมรี ทรงเข้ารับการศึกษาระดับประถมศึกษาที่โรงเรียนในเมืองเคลียร์เลคซิตี (ปัจจุบันคือเมืองฮูสตัน เทศมณฑลแฮร์ริส รัฐเท็กซัส สหรัฐอเมริกา) เมื่อครั้งที่พระบิดายังทำงานอยู่ที่เมืองนั้น ต่อมาได้มีการย้ายมาศึกษาต่อในเมืองโฮบาร์ต รัฐแทสเมเนีย ออสเตรเลีย ที่โรงเรียนอนุบาลแซนดี, โรงเรียนประถมไวเมียไฮส์ และโรงเรียนมัธยมทารูนา และสองปีสุดท้าย พระองค์ย้ายไปศึกษาต่อที่วิทยาลัยโฮบาร์ตจนจบการศึกษา และเริ่มเข้ารับการศึกษาปริญญาตรีช่วง พ.ศ. 2532–2537 จนสำเร็จการศึกษาสาขาพาณิชย์และกฎหมายจากมหาวิทยาลัยแทสเมเนีย[4] และช่วง พ.ศ. 2537–2539 ทรงเข้าร่วมโครงการบัณฑิตศึกษา และผ่านการรับรองในการโฆษณาจากสหพันธ์การโฆษณาของออสเตรเลีย และการตลาดทางตรงออสเตรเลียจากสมาคมการตลาดโดยตรง[4]

พระองค์รับสั่งภาษาอังกฤษเป็นภาษาแม่ และภาษาเดนมาร์กเป็นภาษาที่สอง ส่วนภาษาฝรั่งเศสนั้น พระองค์ได้ศึกษามาบ้างขณะที่ยังเรียนในระดับมัธยมศึกษา ทั้งนี้ใน พ.ศ. 2545 พระองค์เคยสอนภาษาอังกฤษระยะสั้น ๆ ในปารีส[4]